高い品質の農産物を作るには、高い品質のタネを確保することから始めなければなりません。単に栄養価の高い、おいしいものを作るだけでなく、安全性を確保する点からも大事な要素なのです。村上農園は種苗会社や商社任せにせず、自社でタネを生産することから始めています。そのため、米国にタネを生産する現地法人ISSI社を設立。生産されたタネは日本へと運ばれ、ロットごとに検査されます。

土を使わずに作物を育てる水耕栽培は大量の水を使用します。土のない環境ですから土壌に生息している細菌とは元々隔離されていますが、使用する水の品質には細心の注意を払っています。村上農園では、良質な地下水を栽培に使用していますが、これは一般の水道水と同じ方法による殺菌処理を行っています。

生産に携わる従業員は、互いに服装を細かくチェックします。手洗い方法の指導も徹底して行っています。O-157報道をきっかけに消費者の食品の安全管理に対する関心が高くなり、求められるハードルも高くなりました。しかし当社は業務を見直す絶好の機会であるととらえ、厳しい自己規準に基づく衛生管理マニュアルを整備し、衛生管理にいち早く対応しました。たとえば農林水産省の定める規準では、毎月1回の生菌検査を義務づけていますが、村上農園ではこれを隔週で行っています。さらに社内の自主検査については毎日行い、安全を確認して出荷しています。

村上農園では貝の一種であるカキの殻から作った天然の殺菌剤を使用した「カキ殻殺菌法」を業界に先駆けて導入しています。現在では農林水産省が作ったかいわれ大根生産管理マニュアルにも次亜塩素酸ナトリウム（水道水に使用されている殺菌剤）と並んでこの殺菌法が盛り込まれています。国の取り組みを先取りしたと言えるでしょう。

いったん出荷した後も、商品の品質が気になります。特に卸売市場などでは、夏場は摂氏30度くらいまで気温が上がります。そこに無造作に商品が置かれてしまうことも想定し、出荷用外箱には蓄冷材を仕込んだり、その材料に発泡スチロールを使用するなど、品質の保持に絶えず気を配っています。